T細胞はMHC表面に結合した短いペプチドをTCRにより認識する.このペプチドのアミノ酸配列が生殖系列上にコードされている塩基から翻訳されたものであれば,そのペプチドは自己である.何らかの理由で変異が生じたペプチドあるいは微生物のペプチドは非自己である.