エピトープとは抗体が抗原を認識して結合する構造単位で,通常は6〜10個のアミノ酸配列や5〜8個の単糖の配列からなる.特定の抗体のエピトープとなるアミノ酸配列をコードする塩基配列を標識(タグ)として目的の遺伝子に連結して細胞内に導入し,発現したタンパク質をタグに対する抗体を利用して検出したり分離したりする方法をエピトープタグ法と呼ぶ.プロテオミクスでは,FLAG(DYKDDDDK)やMYC(EQKLISEEDL),6His(HHHHHH)タグなどがよく利用される.