無菌マウスとは,現在知られている検出方法で検出できないことが確認された,寄生虫,原虫,真菌,細菌,ウイルスなどすべての微生物を保有しないマウスである.健康な動物の子宮内は無菌であることを前提とし,帝王切開により胎仔をとり出し無菌的に飼育を行うことで作出する.ノトバイオートマウスとは保有している微生物叢がすべて明確なマウスで,無菌マウスに既知の微生物を投与,定着させることにより作出する.