ホスホジエステル結合を有するオリゴヌクレオチドのリン酸基の酸素原子を硫黄原子で置換したものを指し,アンチセンスで最も広く用いられている化合物の修飾方法である.ホスホロチオエート型オリゴヌクレオチドは核酸分解酵素に対して耐性を示す.