DNAマイクロアレイの作製法は,スタンフォード大学で開発されたタイプ(スタンフォード型)と米国アフィメトリックス社によって開発されたタイプ(GeneChipシステム)に大別される.前者は,オリゴヌクレオチドDNAやcDNA(PCR産物)をスライドグラスやメンブレンなどの基板上に直接スポットする方法であり,後者は,半導体製造用の光リソグラフ技術と光照射化学合成を組合わせて,基盤上で高密度に25mer程度のオリゴヌクレオチドを合成する方法である.