超高速シークエンサーでは,断片化されたDNAの両端をそれぞれ読むことが可能であり,このペア情報をmate-pair情報とよぶ.これにより,片端がくり返し配列などに位置しているためにマルチヒットして別端がユニークであればその位置が絞り込まれるなどメリットは大きい.