2種のゲノムを比較する際に,2つのゲノム領域の間にオーソログ遺伝子が存在する場合,その2つの領域はシンテニーをもつという.2つの領域がシンテニーをもつことはその2領域が共通祖先ゲノムの同じ領域に由来することを示している.