着目する生物学的活性を示す一連の化合物の構造において,活性に必要な共通する化学的・物理的な性質をファーマコフォアとよぶ.分子形状や疎水性,水素結合の位置と方向性,酸性度といった電子的性質などを用いて定義される.ファーマコフォアの解析は新規骨格や官能基を有する活性化合物の分子設計に応用される.