構造予測を行うタンパク質のアミノ酸配列を,立体構造データベースのアミノ酸配列に対してホモロジー検索を行い,もし立体構造既知のタンパク質と有意な配列ホモロジーが見つかれば,それをもとに立体構造のモデルを作ることができる.これをホモロジーモデリング(homology modeling)という.