構造生命科学　AlphaFold時代にどう活かす？

序にかえて　構造を解く時代から活かす時代へ【加藤英明】

ガイダンス　構造データの使い方【西増弘志】

第1章　タンパク質構造を視る・知る

Ⅰ．実験構造決定

1. 遺伝子発現制御におけるクロマチン構造のダイナミクス【越後谷健太，鯨井智也，胡桃坂仁志】

2. RNAポリメラーゼⅡ複合体による転写のメカニズム：高次複合体化により発揮される多彩な機能【江原晴彦，永沼政広，柳沢達男，関根俊一】

3. クライオ電子顕微鏡による回転型ATPaseの構造機能解析【横山　謙】

4. 感染受容体NTCPを介したB型肝炎ウイルス接着機構【大戸梅治】

5. クライオ電子線トモグラフィー解析へのAlphaFoldの応用【吉川雅英】

6. 核膜孔複合体のcryo-ET解析：現状と展望【谷口怜哉】

7. 海洋性珪藻類の光合成を可能にする新規タンパク質の発見とそのメカニズム：未知の葉緑体構造ピレノイドから観た海洋での生存戦略【松井啓晃，嶋川銀河，川本晃大，栗栖源嗣，松田祐介】

Ⅱ．in silico解析

8. AlphaFoldを活用したタンパク質複合体構造予測【木原大亮】

9. AlphaFoldを活用した構造ダイナミクス解析：マグネシウム輸送体を例に【馬　潔，服部素之】

10. AlphaFoldによる複合体同定と受精機構の解明【LU YONGGANG，藤内慎梧，宮田治彦，伊川正人】

11. AlphaFold Multimerを用いたユビキチン様タンパク質の複合体構造予測と機能の解明【野田展生，小松雅明】

12. cDNA display proteolysis法によるタンパク質構造安定性のメガスケール解析【石井　衛，坪山幸太郎】

13. アミノ酸変異に起因するタンパク質構造変化の解析法：MD・TDA・ベイズの融合【林　周斗，島村徹平】

第2章　タンパク質を創る（分子エンジニアリング）

Ⅰ．自然界のタンパク質改変

1. 網羅的変異体解析と構造解析を組合わせたCasタンパク質の機能改変【大村紗登士，濡木　理】

2. ブリッジリコンビナーゼの発見から応用まで【辻本栄介，平泉将浩，西増弘志】

3. チャネルロドプシンが有するK^＋選択性の構造基盤【加藤英明】

4. 構造解析と1分子観察を活用したプラスチック分解酵素PETaseの改良【飯野亮太，中村彰彦】

Ⅱ．自然界に存在しないタンパク質のデザイン

5. 物理化学と経験的ルールに基づくde novoデザイン【古賀信康，巽　理恵】

6. 深層学習でゼロからつくる機能性タンパク質【本田信吾】

第3章　タンパク質に結合する分子を創る（創薬）

1. 深層学習によるCPI予測の現状と展望【武本瑞貴，富田篤弘，石谷隆一郎】

2. 創薬を加速する立体構造解析：中外製薬におけるクライオ電子顕微鏡の実装とその先【鳥澤拓也】

3. 構造ベース農薬開発の新展開【田中良樹，佐藤匡史】

4. AIが描く胃薬の未来図：cryo-EMとDeep Quartetが拓く新たな阻害剤のデザイン【阿部一啓，横島　聡，吉森篤史】

5. 構造から読み解くグレリン受容体のリガンド応答の多様性【椎村祐樹，児島将康】

第4章　可能性を広げる構造解析技術

1. 超解像顕微鏡は細胞分子動画の夢を見るか【岡田康志】

2. 高速AFMを利用したタンパク質1分子のナノ動態観察【柴田幹大】

3. X線自由電子レーザーによる分子動画解析：微生物型ロドプシンの動的構造とその知見【藤原孝彰，南後恵理子】

4. NMRを用いた動的構造解析の最先端【竹内　恒】

5. 構造精密化の基礎：クライオ電子顕微鏡による単粒子解析を中心に【山下恵太郎】

索引