ムコ多糖の一種で,通常,生体内ではタンパク質と結合したプロテオグリカンとして細胞外マトリックスや細胞表面に存在している.糖の種類や硫酸基の結合部位によって多くの種類があり,動物,組織などによって異なっている.粘膜型マスト細胞内は顆粒内にコンドロイチン硫酸を保持しており,Sv感染時にはこれを放出することで排虫に働くと考えられている.