標的タンパク質の立体構造情報に基づいて候補化合物を合理的に設計・選別する創薬手法である．結合部位の形状や電荷，疎水性などを解析し，適合する化合物を設計することで，効率的なリード化合物の創出をめざす．三次元構造を用いて相互作用を予測することで，候補化合物の選択や最適化を効率化でき，現在ではインシリコ創薬の中核的手法として広く利用されている．（実験医学2026年10月号より）

X線結晶解析やクライオ電子顕微鏡によって標的となるタンパク質やRNAなどの立体構造を明らかにして，その構造をベースにして標的に結合する化合物をデザインして高活性な医薬品候補化合物を効率的に創製していく創薬手法．（実験医学増刊422より）

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All JAPAN体制の先端技術支援を利用した創薬の最前線

善光龍哉，辻川和丈／編

標的タンパク質の三次元の構造情報にもとづいて化合物を設計する手法．in silicoで計算した構造情報を用いる方法と，標的タンパク質-化合物複合体のX線構造解析情報をもとにする方法がある．（実験医学増刊422より）

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善光龍哉，辻川和丈／編