マイクロアレイデータ統計解析プロトコール〜Excelを中心としたデータの標準化から有意差解析,クラスタリング, ネットワーク解析法のすべて[実験医学別冊]
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マイクロアレイデータ統計解析プロトコール

Excelを中心としたデータの標準化から有意差解析,クラスタリング, ネットワーク解析法のすべて

  • 藤渕 航,堀本勝久/編
  • 定価 5,400円+税
  • 2008年04月発行
  • B5判
  • 255ページ
  • ISBN 978-4-7581-0173-8
  • 販売状況: 在庫あり 
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マイクロアレイのデータに特化した統計解析の実践マニュアル!ExcelやRなどの汎用ソフトによる解析画面を挙げながら,実際の解析例のプロトコールをわかりやすく解説しているので,統計学が苦手でも大丈夫!

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目次
序 −本書を刊行するにあたって− 【藤渕 航】
本書の活用の仕方【藤渕 航】

第1章 遺伝子測定データの標準化

[基礎知識編]

プラットフォームの違いと標準化の意義【藤渕 航】

[基本解析編]Excelによる簡単な標準化 —アレイデータ処理の基本—

1 正規分布による標準化平均値と標準偏差の計算【藤渕 航】
2 一色法アレイの標準化測定値データの処理法【友田史緒里】
3 二色法アレイの標準化比データの処理法【秋山英雄】

[応用解析編]より高度な標準化

①Rを用いた標準化Affymetrix,Agilentなど【金  鈴,藤渕 航】
②その他の大規模解析データの標準化次世代シークエンサー【秋山英雄】

第2章 有意差解析

[基礎知識編]

有意差検定とマーカー遺伝子の意義【門田幸二】

[基本解析編]Excelによる簡単な検定 —パラメトリックとノンパラメトリック法—

1 二群からの有意差検定t検定,Mann-Whitney U検定など【門田幸二】
2 多群からの有意差検定ANOVA-F検定,KW検定など【門田幸二】
3 相関係数と回帰分析系列値との関連遺伝子を探す【茂櫛 薫】

[応用解析編]より高度な解析 —実用的な解析—

1 発現傾向解析(トレンド解析)【荻島創一,石渡龍輔,森岡勝樹】
2 機能グループ解析(GSEA)有意遺伝子群の生物学的意味【岡田吉史 】
3 判別分析(SVM)【荻島創一】

第3章 クラスタリング

[基礎知識編]

クラスタリングの意義【坊農秀雅】

[基本解析編]Clusterを用いた解析 —クラスタリングの基本—

1 階層クラスタリング【Michiel Jan Laurens de Hoon,橋本健洋】
2 Java TreeViewによる表示木構造によるデータの表現【河野 信】
3 非階層型クラスタリングk平均法,自己組織化マップ【瀬々 潤】

[応用解析編]より高度なクラスタリングと表示方法

1 バイクラスタリング法 遺伝子と実験の双方向クラスタリング【岡田吉史】
2 グラフによる類似関係の可視化最適木とyEdによる表示【谷口丈晃 】

第4章 ネットワーク解析

[基礎知識編]

ネットワーク解析の意義【堀本勝久】

[基本解析編]パスウェイデータによる解析 —ネットワーク解析の基本—

1 パスウェイデータベースの基本操作【酒井紀子,山本智子,中村浩実,福田賢一郎】
2 パスウェイデータへのマッピングと可視化Cytoscapeの利用方法【大野圭一朗】
3 文献データとの照合MEDLINEデータを用いた整合性検索【山本泰智】

[応用解析編]より高度な解析

1 偏相関係数によるネットワーク推定グラフィカル・ガウシアン・モデル法【油谷幸代】
2 S-systemモデルによるネットワーク推定【富永大介,岡本正宏】
3 ネットワークと実験値の適合度評価 ネットワークモチーフ分解法【齊藤 秀,堀本勝久】
索引

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  • 【本書名】実験医学別冊「マイクロアレイデータ統計解析プロトコール」
  • 【出版社名】羊土社

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