改訂第2版 バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法〜遺伝子の配列・機能解析,タンパク質解析,プロテオミクス,文献検索,検索エンジン…etc.  真に役立つサイトを使い倒す!

改訂第2版

バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法

遺伝子の配列・機能解析,タンパク質解析,プロテオミクス,文献検索,検索エンジン…etc. 真に役立つサイトを使い倒す!

  • 中村保一,石川 淳,礒合 敦,平川美夏,坊農秀雅/編
  • 定価 4,200円+税
  • 2007年09月発行
  • A4変型判
  • 254ページ
  • ISBN 978-4-7581-0811-9
  • 販売状況: 注文不可(在庫なし)
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大好評書を改訂!バイオデータベースとウェブツールを使ったことがない方,もう使っている方すべてにお勧め.1つ1つの画面に沿って手順を詳しく図示しているので英語のサイトもすぐに使える!コツと裏技も必見!

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[編 集]
名前所属
中村保一かずさDNA研究所植物ゲノム情報研究室
石川 淳国立感染症研究所生物活性物質部
礒合 敦旭硝子株式会社ASPEX事業推進部
平川美夏京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
坊農秀雅大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構(ROIS)ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
[執 筆]
名前所属
荒  武かずさDNA研究所ゲノムバイテク研究室
石川 淳国立感染症研究所生物活性物質部
礒合 敦旭硝子株式会社ASPEX事業推進部
今西 規独立行政法人 産業技術総合研究所 生物情報解析研究センター 統合データベース解析チーム
植木雅志独立行政法人 理化学研究所 長田抗生物質研究室
大井 隆株式会社パトリス知財技術本部IPナレッジ部
太田元規東京工業大学 学術国際情報センター
岡田吉史独立行政法人 産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
粕川雄也独立行政法人 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター 機能ゲノミクスユニット
川上隆雄東京医科大学臨床プロテオームセンター
河野 信大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構(ROIS)ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
菊野玲子かずさDNA研究所ヒトゲノム研究部ゲノム解析技術研究室
黒川 顕奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科情報生命科学専攻比較ゲノム学
神田将和埼玉医科大学ゲノム医学研究センター
菅野純夫東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカルゲノム専攻
鈴木 穣東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカルゲノム専攻
中井謙太東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
長嶋剛史独立行政法人 理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター
中村春木大阪大学蛋白質研究所・附属プロテオミクス総合研究センター
中村保一かずさDNA研究所植物ゲノム情報研究室
二階堂 愛独立行政法人 理化学研究所発生・再生科学総合研究センターシステムバイオロジー研究チーム&機能ゲノミクスユニット
西村順子東北大学大学院農学研究科動物資源化学分野(応用動物科学系)
平川美夏京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
広川貴次独立行政法人 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター 創薬分子設計チーム
高田耕司東京慈恵会医科大学生化学講座
藤澤貴智独立行政法人 製品評価技術基盤機構バイオテクノロジー本部ゲノム解析部門
藤渕 航独立行政法人 産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
坊農秀雅大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構(ROIS)ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
山崎由紀子国立遺伝学研究所生物遺伝資源情報総合センター
山下理宇東京大学医科学研究所・ヒトゲノム解析センター
Paul Horton独立行政法人 産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
目次
【中村保一】
掲載サイトの使用目的別分類図から自分にあったサイトを探そう【石川 淳】
本書を読む前に知っておきたい重要用語【荒 武】

第1章 キーワードによる検索,文献,文書データ

No.1 医学・生物学研究のための検索エンジン活用【二階堂 愛】
  • 最強の検索エンジンを使いこなしあらゆるバイオデータベースを検索する
No.2 PubMed【石川 淳】
  • 医学・生物学関係の文献検索の定番
No.3 特許電子図書館:IPDL【大井 隆】
  • 特許庁へ出願後,公開・登録された特許を「無料」で検索・閲覧できるデータベース
【コラム】目からウロコの無料英文チェック?【石川 淳】

第2章 ゲノム・核酸配列解析

No.4 NCBI-BLAST【中村保一】
  • 高速で多機能な,配列類似検索サイトの決定版
No.5 The UCSC Genome Browser【長嶋剛史】
  • 高速,直感的,多機能なゲノムブラウザ
No.6 GeneMark™およびGIimmer3【黒川 顕】
  • 塩基配列を入力することで,遺伝子領域を予測することができる
No.7 DBTSS/TRANSFAC(MATCH)【鈴木 穣,山下理宇,中井謙太,菅野純夫】
  • ヒト遺伝子の転写開始点の同定とプロモーター配列の解析ができる
No.8 Ensembl(Ensembl Genome Browser)【坊農秀雅】
  • 真核生物のゲノムが簡単に検索,閲覧できる
No.9 HapMap Project(International HapMap Project)【神田将和】
  • 4ヵ国からなる集団で調べられたSNP(Single Nucleotide Polymorphism,1塩基多型,スニップ)およびハプロタイプのデータを調べることができる

第3章 タンパク質配列解析

●1.類似検索

No.10 NCBI Protein BLAST【藤澤貴智 】
  • まずはここからタンパク質類似検索

●2.マルチプルアラインメント

No.11 DDBJにおけるCLUSTALW【今西 規】
  • DNA配列やタンパク質配列データのアラインメントを作成するための標準的なソフト.日本DNAデータバンクで公開されているサービスを使えば,簡単な操作で高度な機能を使うことができる

●3.モチーフ・プロファイル検索

No.12 InterProScan【菊野玲子】
  • 多様な配列特徴データベースの一括検索.ファミリー,ドメイン,モチーフ検索の決定版

●4.タンパク質の細胞内局在化予測

No.13 PSORT【Paul Horton,中井謙太】
  • 世界的に知られるアミノ酸配列の細胞内局在化シグナルと局在部位の予測プログラムシリーズ
NO.14 SOSUI,TMHMM【広川貴次】
  • アミノ酸配列から高速に膜タンパク質の判別や膜貫通領域の解析ができる

●5.高次構造・比較分類

NO.15 Protein Data Bank japan(PDBj)【中村春木】
  • タンパク質・核酸などの生体高分子立体構造データの登録・検索・ダウンロードのサイト
No.16 SCOP(Structural Classification of Proteins)【太田元規】
  • タンパク質立体構造分類データベースの世界標準

第4章 発現プロファイル・パスウェイ解析・プロテオミクス

●1.発現プロファイル

No.17 GO【荒  武】
  • この用語,用例事典で遺伝子機能情報の収集,分類,解析が楽々に!
No.18 GEO【岡田吉史,藤渕 航】
  • 検索・閲覧・解析が可能な世界最大の遺伝子発現データレポジトリ
No.19 GNF SymAtlas【粕川雄也】
  • ヒト/マウス/ラットのさまざまな組織や細胞株の遺伝子発現プロファイルを調べられる

●2.パスウェイ

No.20 KEGG PATHWAY【平川美夏】
  • 電子版代謝マップと思いきや,ゲノムを生命現象に投影するネットワークツール
No.21 Reactome【河野 信】
  • ヒトのパスウェイ解析の決定版

●3.プロテオミクス

No.22 ExPASy Proteomics tools【高田耕司】
  • タンパク質の同定・解析に有用な各種のウェブツールがそろっている
No.23 Mascot【川上隆雄】
  • 質量分析を用いるプロテオミクスで定番の検索アルゴリズムとして名高い
【コラム】データベースやウェブツールを利用している論文の探し方【石川 淳】

第5章 マテリアル系

●1.試薬・化合物データベース

No.24 ChemIDplusおよびPubChem【植木雅志】
  • 化合物を名前や構造式,分子量,さらに生物活性などで検索できる秀逸サイト
No.25 KEGG LIGAND【平川美夏】
  • 代謝化合物と反応から糖鎖,医薬へと広がる,ケミカルゲノムの出発点

●2.バイオリソースデータベース

No.26 National BioResource Project:NBRP【山崎由紀子】
  • ライフサイエンスの実験研究を支える日本発バイオリソースデータベース群!
No.27 ATCC® The Global Bioresource Center™【山崎由紀子,西村順子】
  • バイオリソースセンターの老舗.世界最大の細胞・微生物・遺伝子バンク
付 録 役立つウェブサイト集【礒合 敦】
索 引

購入方法・送料について

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  • 【本書名】改訂第2版 バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法〜遺伝子の配列・機能解析,タンパク質解析,プロテオミクス,文献検索,検索エンジン…etc. 真に役立つサイトを使い倒す!
  • 【出版社名】羊土社

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第2地帯(ヨーロッパ) +1590円
第3地帯(アフリカ、南米) +2090円
EMS便送料 第1地帯(アジア、グアム、ミッドウェイ等) +1960円
第2地帯(オセアニア、中近東、北米、中米) +2720円
第2地帯(ヨーロッパ) +3000円
第3地帯(アフリカ、南米) +3760円

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