実験医学別冊:RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ
実験医学別冊

RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ

  • 坊農秀雅/編
  • 2019年11月29日発行
  • AB判
  • 255ページ
  • 付録:Annual Updateサービスの登録コード
  • ISBN 978-4-7581-2243-6
  • 定価:4,500円+税
  • 在庫:あり
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医学・生命科学で細胞の特性や差異の解析に汎用されるRNA-Seqは,データをどう料理するかが腕の見せどころ.PC 1台から実践できる一流シェフ(データサイエンティスト)のレシピを,みんなのラボへ.

目次

序文(本書の編集方針)

Annual UpdateとWeb Supplementについて

Chapter1 まずはこれだけ!解析環境を整える〜Mac+Biocondaを中心に【安水良明】

Chapter2 データを入手する

(1)RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数,小分子・長分子での違いなど【木本舞】

COLUMN RNA-Seq vs マイクロアレイ【石井善幸】

(2)公共データの利用〜AOEとRefEx,SRAデータ取得,メタ解析【坊農秀雅】

Chapter3 転写産物の発現を定量する

(1)リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2 + StringTie【安藤美波,粕川雄也】

(2)リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR + RSEM【上樂明也】

COLUMN Strand NGS〜RNA-SeqデータをGUIで解析する【田中英夫】

(3)リファレンスゲノムにマッピングしない方法〜salmon,kallisto,tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ【露﨑弘毅】

(4)転写開始点を解析する方法〜CAGE【森岡勝樹】

COLUMN 各種ツールの実行時間比較【丹下正一朗】

Chapter4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う【横井翔】

Chapter5 発現変動遺伝子群を検出する【門田幸二】

Chapter6 サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析【仲里猛留】

COLUMN Ingenuity Pathway Analysis〜発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する【執筆/Stuart Tugendreich,Jean-Noel Billaud,訳/國田竜太】

COLUMN アノテーション情報とID変換〜Gene Ontology,BioMart,Spotfire【坊農秀雅】

Chapter7 多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合

(1)次元削減と可視化【佐藤建太,二階堂愛】

(2)類似度の計算とクラスタリング【佐藤建太,二階堂愛】

COLUMN 1細胞RNA-Seq解析の動向【佐藤建太,二階堂愛】

Chapter8 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP【上坂一馬】

Chapter9 論文投稿に必須!データを登録・公開する〜DRA,GEA【児玉悠一】

COLUMN 解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう【坊農秀雅】

索引

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  • 【本書名】実験医学別冊:RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ
  • 【出版社名】羊土社

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第2地帯(ヨーロッパ) +2600円
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