次号予告実験医学増刊号

次号 Vol.35 No5(2017年3月6日発行予定)

わかる・できる 生命科学の数理モデルとシミュレーション(仮題)

編集:鈴木 貴(大阪大学大学院基礎工学研究科)、久保田浩行(九州大学生体防御医学研究所)

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  • Overview:知識ゼロからの生命科学の数理モデルとシミュレーション【鈴木 貴】

第1章 数理科学の基礎知識〜データから理論を導く代表的な考え方

  • 1)システム生物学~数理科学を用いる「いろは」と目指すもの【久保田浩行】
  • 2)バイオインフォマティクス〜生命システムの進化の解析などを例に【岩崎 渉】
  • 3)反応拡散型数理モデル〜 分岐構造を通した数理モデルに対する一考察【栄 伸一郎】
  • 4)基礎研究における統計解析の重要性〜Nature誌のチェックリストを紐解く【小山達樹】

第2章 数理解析に適したデータの取得法と分析法を知る

  • 1)医療統計学のすすめ【野間久史】
  • 2)細胞内パラメータを測定するという研究志向【石川浩史、江口優一、守屋央朗】
  • 3)がん研究における定量生物学の重要性【久米浩平、西塚 哲】
  • 4)ホモロジーの概念を用いた組織画像解析法について【中根和昭、小野英理、澤野俊憲、稲垣 忍】
  • 5)画像データの場合~医療・実験画像の混合ガウス分布法を用いた分析【板野景子】
  • 6)多チャンネルからの生体磁気データの場合【山岸弘幸、ソムチャイヌアンプラサート】
  • 7)臨床・医療データの活用【鴨打正浩】

第3章 モデリング・シミュレーションの戦略と方法を知る

  • 1)公共ハイスループットChIPデータを用いた遺伝子制御ネットワークの構築とその活用法【川上英良、大田達郎】
  • 2)タンパク質分子ネットワークの構築法〜BFG-Y2H法を例に【谷内江 望】
  • 3)数理モデル解析を用いたシグナル伝達機構の解明【岩本一成、間木重行、岡田眞里子】
  • 4)ライブイメージングに基づくシミュレーション解析【平島剛志、松田道行】
  • 5)医工学技術開発における生体膜分子シミュレーション【越山顕一朗】
  • 6)高次現象のシミュレーション法〜揺らぎをいれたシミュレーションによる血管新生の再現を例に【Dhisa Minerva】
  • 7)細胞変形の数理モデリングとシミュレーション法【Rouzimaimaiti Mahemuti】
  • 8)生物機能のコンピュータ支援設計~大規模生体分子ネットワークのシミュレータ【倉田博之】

第4章 生命科学・医学研究における事例に学ぶ

    Ⅰ.分子動態

  • 1)細胞接着分子CADM1複合体の動態解明〜指数関数あてはめを用いたFRAPデータの解析【伊東 剛、櫻井(八下田)美佳、村上善則】
  • 2)NF-κBの4D細胞シミュレーション【市川一寿】
  • Ⅱ.シグナル伝達

  • 3)血糖恒常性システムの数理モデル解析【大橋 郁、藤井雅史、小川 渉、黒田真也】
  • 4)炎症シグナルにおけるp38活性のオシレーション【冨田太一郎】
  • 5)確率的なERK活性化と細胞間伝搬現象の数理モデル【青木一洋】
  • 6)リン酸化プロテオミクスに基づく数理ネットワーク解析【尾山大明、秦 裕子】
  • Ⅲ.細胞動態

  • 7)魚類個体発生で観察される周期的な細胞周期進行波~イメージングと数理モデルで隠れたパターンを推定する【齋藤 卓、今村健志】
  • 8)ゼブラフィッシュのチューリングパターン【渡邉正勝】
  • 9)時空間的なシグナルの検出とは何か?〜這いまわる細胞の走化性を例に【澤井 哲】
  • 10)血管を伸長する細胞メカニズムの解析【西山功一】
  • 11)形態形成のメカニズム【井上康博】
  • Ⅳ.代謝

  • 12)細胞内中心代謝フラックスの解析【松田史生】
  • 13)代謝ネットワークを用いて微生物生態系を可視化する【竹本和広】
  • Ⅴ.生理機能

  • 14)神経応答のモデリング~Ca2+イメージングを用いて【豊島 有】
  • 15)神経膜電位の数理モデリングから睡眠を考える【吉田健祐、大出晃士、上田泰己】
  • Ⅵ.その他の生命科学・医学応用

  • 16)ウイルス感染の数理科学的理解【岩見真吾、佐藤 佳】
  • 17)進化プロセスとしての発がん【巌佐 庸、波江野洋】
  • 18)データ駆動型の創薬〜統計的手法を用いて【山西芳裕】