S. TyphimuriumのT3SSおよびエフェクターの多くは,菌染色体のSPIs (Salmonella pathogenic islands) とよばれる領域に遺伝子が存在する.SPIにはSPI-1と2があり,おのおの異なるT3SSをコードしている.SPI-1 T3SSは,侵入の初期過程に働く.例えば,菌が宿主細胞に取り込まれる際に必要な細胞膜のラッフリングを起こすため,宿主細胞のアクチン骨格の再編成を促す.後期になるとSPI-2 T3SSがSCVの膜に突き刺さってエフェクター群を細胞質に送り込み,SCV関連の膜動態を操作して細胞内での菌の増殖を促進する.