静電的相互作用と並び,タンパク質間相互作用を担う重要な相互作用の1つ.代表例はロイシンジッパーで,2本の両親媒性αヘリックスが疎水性相互作用により会合している.水溶液中で,タンパク質の疎水性表面同士が引き合い,溶媒との接触面を少なくすることにより安定化エネルギーが得られていると考えられている.