ユビキチン鎖のなかで,基質により近い位置にあるユビキチンを「近位(Proximal)」,より遠いものを「遠位(Distal)」のユビキチンとよぶ.基質と結合していないユビキチン鎖の場合は,C末端のカルボニル基を残すものが「近位」である.