12C/13Cあるいは14N/15Nなどの異なる同位体を含むアミノ酸を含む培地中で細胞を培養し,代謝的にこれをタンパク質に導入したプロテオームを調製し,一方でaffinity enrichment,他方でコントロール実験を行ったものを混合し,ペプチドマスフィンガープリンティングを行う研究手法.個々のペプチドに対する質量の同位体比から,それぞれのペプチドのenrichmentの度合いの定量を行うことが可能となる.