成獣マウス骨髄に存在するHSCは,複数の細胞膜抗原のイムノフェノタイプによって高度に濃縮可能である.最もよく使われている成体型HSCの表現型は,c-Kit+Sca-1+Lineage-(KSL)・CD34-Flt3-あるいは,KSL・CD150+CD48-である,一方,マウス胚に存在するHSCは,KSL・CD34+Flt3-である.