蛍光物質を利用して特定遺伝子の断片DNA(プローブ)を染色体や核DNAとハイブリダイズさせ,その遺伝子の増減(欠失や増幅)や染色対中の位置(マッピング)を調べる方法.プローブには特定遺伝子の断片ほか,各染色体セントロメア特異的配列に対応するDNA,特定染色体全領域をカバーするDNAなどが用いられ,染色体の数的異常,構造異常の解析に利用されている.