さまざまな種類があるが,二光子励起顕微鏡の光源として用いられるのは,グリーンレーザーによりチタンサファイアレーザーを励起し,近赤外パルスレーザーを得るシステムである.製品の仕様にもよるが,約100フェムト秒の超短パルスを80MHzで発振し,波長は700〜1,000nmの範囲で可変である.