特に,エピゲノムの消去・再構築によって分化した細胞が未分化の状態に戻ることを指すことが多い.受精時に,精子および卵のエピゲノムがリプログラミングされ,受精卵は分化全能性を獲得する.また,分化した体細胞に特定の遺伝子を導入することでリプログラミングが生じ,分化多能性を有する細胞(iPS細胞)となる.