目的ではない部位へ予期せぬ変異が起こること.TALENやCRISPRなどの人工ヌクレアーゼはターゲット配列から数塩基の違いがあっても,結合して変異を引き起こすことが知られており,実用上の大きな課題の1つとなっている.