通常,転写因子は閉じたクロマチンに結合することができないが,パイオニア転写因子は凝集したクロマチンに結合し,弛緩させ,他の転写因子やエピジェネティック修飾因子をリクルートすることで転写を活性化させる.リプログラミングにおいては神経誘導因子のAscl1,マクロファージ誘導因子のPu.1等がパイオニア転写因子として知られている.