宿主の健康に寄与する微生物の意であり,ビフィズス菌(Bifidobacterium)や乳酸菌(Lactobacillus)が食品に汎用される.近年の腸内細菌研究の進展により,クロストリジウム目に属する細菌群(クラスターⅣ, ⅩⅣa)が炎症・アレルギー応答を抑制する制御性T細胞(Treg)の誘導に関与していることが明らかとなっており,医療分野での応用が期待されている.