脊索は,脊索動物でみられ,体中央に伸びる棒状の中胚葉組織であり,初期胚の頭尾軸を規定する.脊索は,Sonic hedgehog(Shh)などの重要な誘導因子を分泌して,将来の脊椎・中枢神経系の発生に重要な役割を果たす.