多くの場合,同じ機能をもつ重複遺伝子は冗長なためどちらか片方は失われるが,2つの重複遺伝子が祖先遺伝子のもっていた複数の機能のうちお互いに異なる部分を失った場合,両方の重複遺伝子が異なる機能を果たす遺伝子としてゲノム中に残る.このように,2つの重複遺伝子が祖先遺伝子の機能を一部分ずつ分担するように機能分化(特化)することをsubfunctionalizationという.