染色体の融合・分裂やゲノム配列の逆位・転座・重複などによってゲノムが変化していくこと.種によってゲノム再編成の起きやすさが異なり,数億年前の祖先の状態をある程度残していると考えられる種や,ランダムにシャッフルされたように激しく変化している種もある.