ミトコンドリアが損傷すると,活性酸素を発生させたりチトクロムCを放出してアポトーシスを誘導させたりして細胞にとって有害である.そこで,産生された活性酸素や脱分極などがシグナルとなり,損傷したミトコンドリアを選択的にオートファジーにより丸ごと分解・除去する機構がマイトファジーである.その調節には一般的なオートファジーの制御機構に加えて,マイトファジー特異的な因子が存在する.