実験医学別冊:エピジェネティクス実験スタンダード〜もう悩まない! ゲノム機能制御の読み解き方
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実験医学別冊

エピジェネティクス実験スタンダード

もう悩まない! ゲノム機能制御の読み解き方

  • 牛島俊和,眞貝洋一,塩見春彦/編
  • 定価 7,400円+税
  • 2017年05月発行
  • B5判
  • 398ページ
  • ISBN 978-4-7581-0199-8
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遺伝子みるならエピもみよう! DNA修飾,ヒストン修飾,ncRNA,クロマチン構造解析で結果を出せるプロトコール集.目的に応じた手法の選び方から,解析の幅を広げる応用例までを網羅した決定版.

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目次
はじめに【牛島俊和,眞貝洋一,塩見春彦】

Ⅰ エピジェネティクス解析ナビ

1.DNAメチル化解析ナビ【牛島俊和】
2.ヒストン化学修飾解析ナビ【眞貝洋一】
3.エピゲノム制御因子としての非コードRNA解析ナビ【塩見春彦】

Ⅱ DNAメチル化解析

A 個別領域の解析

1.領域特異的バイサルファイトシークエンシング【前之原章司,鵜木元香】
2.メチル化特異的PCR法【竹島秀幸,牛島俊和】
3.制限酵素によるDNAメチル化検出【新沼 猛,鈴木 拓】
4.パイロシークエンス法 複数のCpGメチル化の定量【新城恵子,近藤 豊】
5.MassARRAYを用いたメチル化解析【高根希世子,八木浩一,金田篤志】
6.DNAメチル化酵素活性の解析【末武 勲,三島優一,高橋沙央里,古川亜矢子】
7.5-ヒドロキシメチルシトシンの解析 DNA免疫沈降-リアルタイムPCR(DIP-qPCR)【山口新平】
8.DNA脱メチル化剤とHDAC阻害剤の処理【服部奈緒子,牛島俊和】

B 網羅的解析

9.Infinium【山下 聡,飯田直子,服部奈緒子,竹島秀幸,牛島俊和】
10.PBAT法によるメチローム解析【三浦史仁,伊藤隆司】
11.MeDIP-Seq法:メチルシトシン抗体による免疫沈降法【永江玄太】

Ⅲ ヒストン化学修飾解析

A 全体像の解析

1.ヒストン修飾抗体を用いたウエスタンブロット解析【立花 誠】
2.ヒストン修飾のイメージング【木村 宏】

B 個別領域の解析

3.クロマチン免疫沈降(ChIP)法【加藤雅紀,眞貝洋一】

C 網羅的解析

4.ChIP-Seq【加藤由起,坂東優篤,白髭克彦】
5.エピゲノムデータベースの現状と活用【渡辺 亮,中村正裕,岡田千尋】

D 酵素活性の測定

6.HDAC活性・HAT活性測定法【伊藤昭博,中田明子,吉田 稔】
7.再構成ヌクレオソームを用いたヒストンメチル化活性測定【浦 聖惠】
8.ヒストン脱メチル化活性測定法 FDH-coupled assay【合田 哲】
9.ヒストンのリン酸化・ユビキチン化活性測定法【島田 緑,中西 真】

Ⅳ 非コードRNA解析

A 長分子RNAの解析

1.既知タンパク質に結合するRNAの網羅的解析手法 FAST-iCLIP【石津大嗣】
2.lncRNAが結合するタンパク質・RNA・DNAの網羅的解析 ChIRP(chromatin isolation by RNA purification)【小野口真広】
3.lncRNA複合体の細胞内局在と構造解析【中川真一】
4.lncRNAの遺伝学的解析【中島達郎,酒田祐佳,佐渡 敬】

B 小分子RNAの解析

5.内在性小分子RNAの網羅的解析手法【岩崎由香】

Ⅴ.核内高次構造解析

1.ヌクレオソーム解析(FAIRE-Seq)【脇 裕典,堤 修一】
2.3C・4C法によるクロマチン高次構造解析【石原 宏,中尾光善】

Ⅵ その他の新技術

1.エピゲノム編集【佐久間哲史,中出翔太,山本 卓】
2.シングルセル解析【鹿島幸恵,鈴木絢子,関 真秀,鈴木 穣】
3.クロマチンに結合するタンパク質の網羅的解析 ラベルフリー定量法を用いたChEPなど【足立 淳】
4.特定のクロマチン領域に結合するタンパク質の網羅的解析 PICh法など【井手 聖】
5.メチル化酵素の新規標的分子の網羅的解析【島津忠広,五月女宜裕,袖岡幹子,眞貝洋一】

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