わかる! 使える! DNAマイクロアレイデータ解析入門
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わかる! 使える!

DNAマイクロアレイデータ解析入門

  • Steen Knudsen/著,塩島 聡,松本 治,辻本豪三/監訳
  • 2002年11月14日発行
  • B5判
  • 108ページ
  • ISBN 978-4-89706-351-5
  • 定価:4,290円(本体3,900円+税)
  • 注文不可
    在庫:なし

アメリカでベストセラーとなった,マイクロアレイの初のデータ解析書を翻訳! 実験結果の処理に必要な知識と手法をコンパクトに解説した,アレイ初心者でも安心の入門書!

目次
1章 解析をはじめる前に
 1.ハイブリダイゼーション
 2.Affymetrix社のGeneChip技術
 3.スポット型アレイ
 4.Serial Analysis of Gene Expression(SAGE)法
 5.用例:Affymetrix型チップとスポット型アレイの比較

2章 データ解析のあらまし

3章 データ解析の基本
 1.遺伝子発現レベルの数値化
 2.スケール化
 3.はずれ値の検出
 4.倍率変化
 5.有意性

4章 次元を減らして視覚化する
 1.主成分分析(PCA)
 2.用例1:小さなデータ行列に関するPCA
 3.用例2:実在のデータについてのPCA

5章 クラスター解析
 1.階層型クラスター化法
 2.K-meansクラスター化法
 3.自己組織化マップ(SOM)
 4.距離係数
 5.標準化
 6.クラスターの視覚化

6章 クラスター解析の先にあるもの
 1.遺伝子機能予測
 2.プロモーター領域における調節要素の探索
 3.データの統合

7章 調節ネットワークのリバースエンジニアリング
 1.時系列でのアプローチ
 2.定常状態でのアプローチ
 3.ネットワークモデルの限界
 4.用例1:定常状態モデル
 5.用例2:実際のデータに基づく定常状態モデルその1
 6.用例3:実際のデータに基づく定常状態モデルその2
 7.用例4:線形時系列モデル

8章 分類器として使うには
 1.分類法の概要
 2.用例1:癌のサブタイプを分類するその1
 3.用例2:癌のサブタイプを分類するその2

9章 アレイにスポットする遺伝子を選択する
 1.遺伝子探索
 2.遺伝子内での領域の選択
 3.PCRプライマーの選択
 4.ユニークなオリゴマープローブの選択
 5.実験デザイン

10章 発現解析の限界

11章 遺伝子型解析チップ
 1.用例:GeneChip予測に対するニューラルネットワーク

12章 ソフトウェアの問題とデータフォーマット
 1.標準化の試み
 2.標準ファイル形式
 3.クラスター化ソフトウェア
 4.統計解析用ソフトウェア

13章 市販の解析ソフトウェア

参考文献
書評・感想

 本書は,最近良く目にするマイクロアレイによる遺伝子発現解析が実際にどういった手続きでなされているかを解説した "A biologist's guide to analysis of DNA microarray data" の日本語訳である.目次だけを見ると章の数が多いので少し手強い感もあるが,ページ数はそれほど多くなくコンパクトにまとまっており,これまで統計的手法にあまりなじみのない生物学者にとってマイクロアレイによるデータ解析を概観するのに格好のデータ解析入門の書物となっている.とくに3章「データ解析の基本」は得られたデータの有意性を解釈する上で基本となる事柄であり,それゆえに重要である.

 また,本書はマイクロアレイを用いた解析を実際に行っている研究者にも役立つ.それは,出てきた結果の解釈に役立つ統計解析手法について平易に解説され(2〜8章),むだに深入りすることなく,詳しい内容についてはリファレンスとしてまとめられているからである.さらに12章「ソフトウェアの問題とデータフォーマット」ではフリーな統計パッケージ, Rの具体的な利用法が,各統計手法ごとに例とともに言及されていて,自分のデータにもすぐに適用して試すことができる.

 本書の特徴として,文献リストが豊富である.これは数多くの論文が出され日々研究が進んでいる遺伝子発現解析の分野を反映していて,詳しく知りたいときの道しるべとして有用である.マイクロアレイデータを利用するすべての生物学者に,データ解析に起因する特徴を理解し,その解釈を誤らないよう,ぜひご一読することをお勧めする.

(評者)坊農秀雅(理化学研究所横浜研究所)

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  • 【本書名】わかる! 使える! DNAマイクロアレイデータ解析入門
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