DNAチップ実験まるわかり

序（佐々木博己）

「DNAチップQ&A」による各章へのナビゲーション （本書の構成）（佐々木博己）


1章 読んで得する DNAチップガイド（佐々木博己，青柳一彦）
DNAチップの基礎知識
●DNAチップとは何か ●DNAチップで何がわかるか ●DNAチップの作製 ●解析に必要なもの
購入or受託どちらがいい？
●解析費用からの判定 ●多検体解析の受託のメリット
研究目的とチップの選択 （チップを選ぶ際の条件）
●スポット数 ●プローブの種類 ●感度 ●再現性 ●価格 ●枚数 ●普及状況



2章 発現解析型DNAチップ−市販のゲノムワイドなDNAチップを活用するための基礎知識（青柳一彦）
RNAサンプルの調整
●原理 ●高品質のRNAを使用する ●微量，希少なRNAサンプルは増幅して使用する【プロトコール：TALPAT】●DNAチップに合わせて標識する【プロトコール：一本鎖cDNA合成時に直接蛍光を取り込ませる（直接法）】【プロトコール：cRNA合成によりアミノアリル-UTPを取り込ませる（間接法）】【プロトコール：cRNA合成時にビオチンを取り込ませる（間接法）】●実験例
Chip解析と各種DNAチップの解説
●各種DNAチップ
二色法：タカラバイオ（IntelliGeneR：cDNAチップ）【プロトコール】，DNAチップ研究所（AceGeneR：オリゴチップ）【プロトコール】，Agilent Technologies
一色法：Affymetrix（GeneChipR）【プロトコール】，アマシャムバイオサイエンス（CodeLink），アプライドバイオシステムズ（Applied Biosystems 1700 Chemiluminescent Microarray Analyzer），クロンテック（DB Atlas Array），GeneFrontier（なんでもアレイ）
その他：Invitrogen（HiLightシステム）
●受託解析サービス
Affymetrix（GeneChipR），アマシャムバイオサイエンス（CodeLinkR）， Agilent Technologies，クロンテック，DNAチップ研究所（AceGeneR），タカラバイオ（IntelliGeneR），GeneFrontier（なんでもアレイ）
●総括コメント
トラブルとその対処方法



3章 コピーナンバー定量アレイ（CGH）（佐々木博己，河野隆志，佐藤将光）
原理
準備するもの
●DNA ●DNAチップ
プロトコール
プロトコール：全ゲノムDNAをプローブとしたBACアレイを用いたCGH解析，プロトコール：ROMA法によるオリゴヌクレオチドDNAチップを用いたアレイCGH解析
CGH適用マイクロアレイの紹介
●全ゲノムDNAラベル法によるCGH用マイクロアレイ ●特定の制限酵素DNA断片（Genome RepresentationしたDNA）のラベルによるCGH用マイクロアレイ（ROMA法）



4章 メチレーションチップ−プロモーターのメチル化による遺伝子の不活性化を検出するチップ（松原長秀，木村直紀）
サンプル調製編
●原理 　●プロトコール：サンプル調製プロトコール ●トラブルとその対処方法 ●実験のコツ
チップ解説編
●基本情報 ● チップの使い方 ●特徴



5章 データのコンピュータ解析−データの標準化と解析ソフト（戸塚裕彦）
背景
実験データの正規化
●MAプロット ●総強度正規化（グローバル・ノーマライゼーション）●LOWESS正規化 ●大域的正規化と局所的正規化 ●その他の手法など ●異常値の扱いについて
発現に変動がある遺伝子の探索
●統計的検定 ●多重検定と偽陽性
クラスター解析
タイプ予測
ソフトウェアの紹介
●RとBioconductor ●TM4 ●その他のソフトウェアなど



6章 DNAチップ解析後の研究戦略（佐々木博己，青柳一彦）
背景
DNAチップ解析後の実験
●チップデータの確認 ●発現細胞や局在性の確認 ●RNAi による遺伝子機能のノックダウン ●遺伝子のノックイン ●in vitroとin vivoの双方向性解析 ●ゲノム網羅的解析から診断用ミニチップによる多検体解析 ●アレイCGH解析の確認 ●ChIP-Chipデータの確認 ●メチル化検索アレイデータの確認



7章 チップを用いた機能解析研究−複製，転写調節研究への利用

本章のアウトライン（佐々木博己）

A）培養細胞系を用いた多検体迅速遺伝子機能解析技術への応用（落谷孝広）
背景
操作の概略
●Sabatiniらのトランスフェクテッド・セル・マイクロアレイ ●本間らのアテロコラーゲンによるセルトランスフェクションアレイ ●Sabatini vs 本間法（両者の技術的比較）
実験例

B）ゲノムタイリングチップによる染色体動態の解析（白髭克彦）
背景と操作の概略
実験例

C）クロマチン構造解析-転写複合体のゲノムマップ（高橋康彦）
背景
操作の概要
●原理 ●プロトコール：サンプル調製プロトコール
実験例



8章 カスタムメイド-DNAチップを活用しよう

本章のアウトライン（佐々木博己）

A）カスタムDNAチップ（注文してから使用するまでのノウハウ）（青柳一彦）
背景
カスタムDNAチップ作製までの手順
●カスタムDNAチップのシステムの選択 ●プローブの設定 ●コンピュータプログラムに合った遺伝子のアノテーションとチップ上での位置情報のファイル
カスタムDNAチップのいろいろ
●従来型のグラススライドタイプのDNAチップ ●マルチwellタイプのDNAチップ（「なんでもアレイ」12wellアレイ）●多孔質チップ（MetriGenix 4D Array SystemTM）●繊維型DNAチップ（ジェノパール）●総括コメント

B）最新DNAチップ　ビーズチップ（小原賢信）
背景
操作の概要
実験例

C）最新DNAチップ　TUM e-Array（天野雅彦）
背景
● ECAチップシステム ●SMMD法 ●プロトコール：操作の概要
実験例



9章 モデル生物，植物，家畜でのDNAチップの利用（佐々木博己）
背景
ヒト以外の生物でのDNAチップの状況
モデル生物　：マウス，ラット，アフリカツメガエル，ゼブラフィッシュ，ホヤ，線虫，出芽酵母，分裂酵母，大腸菌，ショウジョウバエ，カイコ
植　　物　　：シロイヌナズナ，イネ／ライス，ブドウ
家畜，ペット：イヌ（ビーグル犬），ブタ，ウシ，ウマ



10章 DNAチップの新たな活用術への挑戦（佐々木博己）
DNAチップを利用したさきがけ的研究
●発現解析 ●アレイCGH解析 ●遺伝子機能解析


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