今、がんのクリニカルシークエンスが面白い

企画(所属は掲載時)

  • 谷上賢瑞(東京大学分子細胞生物学研究所)
  • 八谷剛史(岩手医科大学いわて東北メディカルメガバンク機構)
  • 西塚 哲(岩手医科大学医学部外科)
  • 中川英刀(理化学研究所統合生命医科学研究センター)

本コンテンツは,実験医学同名コーナーからの転載となります(2016年4月号〜).

患者さん由来の核酸情報をもとに精密な医療を行うクリニカルシークエンスは,感度・効率・侵襲性の面でがんの診断・治療に飛躍をもたらす可能性が注目されています.特に血中DNAに焦点を当て,研究最前線の熱気を紹介いただいています.
実験医学誌面上での1年にわたる連載を,たくさんの方にご愛読いただくために,イントロダクションにあたる第1~3回をWEBで公開いたします! ご興味をお持ちいただけた方は,より深い議論が展開される第4回以降をぜひ誌面でお楽しみください.(編集部)

第3回 ctDNA解析技術:検出感度と網羅性

著/八谷剛史,谷上賢瑞,西塚 哲,中川英刀

ポイント

  • ctDNA解析技術には検出感度が求められ,また,網羅性が求められる場合もある.
  • デジタルPCRは,検出感度に優れたctDNA解析技術である.
  • 次世代シークエンサー(NGS)を用いたターゲットシークエンスは,網羅性に優れたctDNA解析技術である.
  • 検出感度と網羅性を兼ね備えたctDNA解析技術が開発されてきている.

はじめに

本連載の第1回『がん診断の新たなマテリアル,ctDNA』では,腫瘍由来循環DNA(ctDNA)が革命的な低侵襲腫瘍マーカーとして注目を集めていること,その可能性は体内腫瘍量モニタリング,薬剤耐性検出,超早期がん発見などの幅広い応用が期待されることを紹介した.第2回『臨床現場からctDNAサンプル抽出まで』では,ctDNAを利用したがん臨床研究が加速度的に進められていることを背景に,採血からDNA抽出までの具体的なマテリアルの取扱方法を紹介した.

第3回となる本稿では,ctDNAの解析技術について紹介する.1987年にctDNAが血液中を循環していることが発見されて以来1),ctDNAを腫瘍のバイオマーカーとして用いるアイデアは早くから提案されていた.しかしながら,そのアイデアが実際に検証可能になるまでには,解析技術の発展を待つ必要があった.ctDNA解析の本質的な難しさは,

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著者プロフィール(執筆時)

西塚 哲
1994年,岩手医科大学医学部卒業.1998年,同大学院修了.医学博士.同年よりカリフォルニア大学アーバイン校博士研究員,米国国立がん研究所リサーチフェロー,同分子トランスレーショナル技術開発部門長およびフレデリック研究所上級研究員を経て,2007年より現職.2014年より逆相タンパクアレイ国際会議会頭.がん再発予防と見えないがんの診断に挑戦中.
谷上賢瑞
2010年3月 東京大学理学部生物化学専攻修了.博士(理学).2010年4月 東京大学分子細胞生物学研究所分子情報研究分野博士研究員を経て,2011年7月より同助教.機能未知なlncRNAを,がんに関わる様々な生命現象に紐付けしていくことを目標としている.
八谷剛史
2005年,慶應義塾大学理工学部卒業.2010年,同大学博士課程修了.理学博士.同年より慶應義塾大学大学院理工学研究科特別研究助教,同研究科特任助教を経て,2013年より現職.バイオインフォマティクスの力で,Deciphering Nature’s Alphabet (DNA)をめざしながら,デオキシリボ核酸(DNA)と日々格闘中.
中川英刀
1991年,大阪大学医学部卒業.8年間の外科医のトレーニングと研究の後,1999年オハイオ州立大学で大腸癌のゲノム・エピゲノム研究.2003年より東大医科研ヒトゲノム解析センター,2008年より理研にて,マイクロアレイ,GWAS,そしてNGSでのがんのゲノム研究,そしてゲノムの臨床への応用を主題としている.ICGC/TCGAの肝癌ゲノムおよびPanCancer全ゲノム解析のPIとして活動中.
本記事の掲載号

実験医学 2016年6月号 Vol.34 No.9
直径100nmのメッセンジャー
エクソソームは診断・治療に革命をもたらすか?

吉岡祐亮,落谷孝広/企画