染色体DNA上の二本鎖切断などの修復に用いられる経路の1つであり,非相同組換え経路が切断を接続するだけなのに対し,修復対象の配列に相同なDNAを鋳型とする.この際,外来の相同配列を鋳型として導入しておくとそれが染色体に組み込まれ,それを遺伝子ターゲッティングと呼ぶ.