DNA1分子に対するシークエンス反応を並列的に行うことによって,データのスループットを飛躍的に増大させたシークエンサー.スループットは機種や製品のバージョンによって異なるが,一度の解析で数~数十Gb (ギガベース) のデータを得ることができる.スループットの増大に伴って,同一の配列を複数回読むことができるようになり,遺伝子の発現レベルなどを定量することが可能となった.