大脳基底核は,大脳皮質に包み込まれる場所に位置し,尾状核と被殻から構成される線条体が主な入力部であり,被殻の内側に位置する淡蒼球がその主な出力部である.大脳基底核は大脳皮質から入力を受け,視床を経て大脳皮質に出力を送るループ回路を構成し,これは大脳皮質-基底核ループとよばれる.