3C(chromosome conformation capture)法を応用した方法で,in vivoでゲノムがどのような三次元上の距離をとるかを1対多や多対多の領域で網羅的に得ることができる.4C(circular 3C, 3C-on-chip)法や5C(3C carbon copy)などが存在し,一般的には4C以上をHi-Cと呼ぶようである.