スライドグラス上に解析対象としたい遺伝子配列 (もしくはその相補鎖) と相同性をもったヌクレオチド配列 (プローブ) を数十塩基スポットしたものであり,ラベルしたターゲットDNA とのハイブリダイゼーションによって,一度に数万個以上の遺伝子の発現レベルを測定できる.一度に解析できる遺伝子数の多さにおいてその技術の初期からトランスクリプトーム解析の手段として用いられてきた.