DNAメチル化を網羅的に解析する方法は,まずメチル化DNAと非メチル化DNAをどのように認識・区別するかで,①バイサルファイト法,②制限酵素法,③メチル化親和性タンパク質を利用する方法,の大きく3つに分けられる.次に①~③で収集したDNAを,マイクロアレイか次世代シークエンサーを用いて解析する.