LTi細胞や樹状細胞が特異的に常駐する小腸粘膜下微小構造で小腸に多数分布する.これが腸内細菌叢の刺激を受けてリンパ球が集まり,ILFが形成される.絨毛の根元(crypt)の隙間にあるようにみえるのでこの名がついた.