OTU(operational taxonomic unit).細菌の必須遺伝子(一般に,16SリボソームRNA遺伝子)の塩基配列をコンピュータ上でその類似度を指標に分類したときに得られる単位をいう.細菌叢からの16S遺伝子配列データをある類似度(例えば,97%)閾値でOTU解析すると,その閾値以上の類似度をもつ16S遺伝子配列群からなる多数のOTUが形成される.つまり,類似度97%の場合,各OTUは進化的に同一の菌種から構成される.ただし,細菌学における分類とは厳密には一致しないOTUも存在する.