類似性

あるタンパク質ペアについて，比較対象とするアミノ酸配列範囲において種類が同一な部位の割合を同一性（sequence identity），さらに似ている部位を加えた割合を類似性（sequence similarity）とする場合が多い．一般に，配列解析ツール（ClustalWなど）で用いられる類似性マトリクス（PAM250など）でのスコアがある閾値より大きいアミノ酸ペアを，似ているものと分類している．

参考書籍

• 実験医学 2013年2月号 Vol.31 No.3 特集「構造から創薬に向かうGPCR研究」