全ゲノムショットガン法では対象のゲノム配列から大量のDNA断片配列を解読するが,この断片配列を繋げて対象ゲノム配列を復元するコンピュータ処理のことをゲノムアセンブリとよぶ.対象ゲノム配列の性質や得られたデータの量や質に応じて復元されたゲノム配列の質は変化する.