P1ファージからクローニングされたDNA組換え酵素で,34塩基対のloxP配列のペアを認識して組換えを起こす.loxPには方向性があり,2つのloxPが同じ向きであればその間の配列が環状DNAとして切り出されるdeletion,逆向きであればその間の配列の向きが入れかわるinversionをひき起こす.loxP配列には変異体(lox2272など)があり,loxP-loxP,lox2272-lox2272はそれぞれ特異的に組換えを起こす一方,loxP-lox2272間では組換えを起こすことはない.この性質を利用し,プロモータと目的遺伝子を逆向きに配置し(不活性型),Creの存在下で不可逆的に組換えを起こして活性化するFLEx switchを組むことができる.