生体が生まれつきもっている免疫反応で,微生物などの構成成分をTLRなどのパターン認識受容体で感知することで発動する.内在性リガンドも自然免疫反応を誘導することが知られている.炎症性サイトカインなどの産生を介して炎症反応を誘導し生体防御に作用する.