原核生物のCRISPR-Cas9システムを構成するCas9は,sgRNAの有無に応じて,標的DNA配列を切断する酵素(ヌクレアーゼ)である.dCas9は,Cas9の活性中心にアミノ酸変異を加えその酵素活性を消失させた変異体であるが,sgRNAの有無に応じて標的DNA配列に結合する機能は保持している.