連鎖不平衡:linkage disequilibrium.同一染色体上に存在する遺伝子(アレル)の多くはそのまま親から子に伝わる(連鎖)ため強い相関をもつが,世代を経るにしたがって組換えによってその相関は弱くなる.このようにアレル間の相関が保たれた状態を連鎖不平衡と呼ぶ.ゲノム内のSNPの多くは互いに連鎖不平衡にある.連鎖不平衡の程度やゲノム内の構造は集団ごとに異なっている.