オリジナルの定義は,グアニンとシトシンの合計の含有率が50%以上,CpG配列頻度の実測値と予測値の比が0.6以上である200塩基以上のゲノム領域.哺乳類ゲノム上では約半数の遺伝子の転写開始点に存在し,その大部分がいわゆるハウスキーピング遺伝子である発現調節異常の原因となることが知られている.
ヒトゲノムでは遺伝子プロモーターの約70%がCpGアイランドを含むとされる.CpGアイランドは通常メチル化されていないが,がん細胞ではしばしばCpGアイランドのメチル化による遺伝子転写抑制がみられる.